Die Frauenakademie München kooperiert in ihren drei Schwerpunktbereichen Forschung, Bildung und berufliche Beratung mit zahlreichen Organisationen, Institutionen und Unternehmen. Dazu gehören:
Glasgow Caledonian University, Britannien
Hochschule München, Fakultät für Angewandte Sozialwissenschaften
Katholische Stiftungsfachhochschule, Abteilungen München und Benediktbeuern
Ludwig-Maximilians-Universität München, Lehrstuhl Soziologie/Gender Studies
Technische Universität Dortmund, Sozialforschungsstelle
Technische Universität München, Gender-Zentrum
Universität Augsburg, Gender Zentrum Augsburg
Universität der Bundeswehr München, Lehrstuhl Internationale Beziehungen
Wirtschaftsuniversität Wien, Institut für heterodoxe Ökonomie, Österreich
Deutsches Jugendinstitut, München
GESIS – Leibniz-Institut für Sozialwissenschaften, Kompetenzzentrum Frauen in Wissenschaft und Forschung (CEWS), Bonn
Institut für Zeitgeschichte, München
SIM Sozialwissenschaftliches Institut München
Bayerisches Staatsministerium für Arbeit und Sozialordnung, Leitstelle für Gleichstellung, München
Bundesministerium für Familie, Senioren, Frauen und Jugend, Bonn und Berlin
LH München, Gleichstellungsstelle für Frauen
LH München, Kulturreferat
LH München, Referat für Arbeit und Wirtschaft
LH München, Referat für Gesundheit und Umwelt
Friedrich Ebert Stiftung
Hanns Seidel Stiftung
Heinrich-Böll-Stiftung
Robert Bosch Stiftung
Akademie Frankenwarte, Würzburg
Bayerische Landeszentrale für politische Bildungsarbeit
Bayernforum der Friedrich Ebert Stiftung, München
Bundeszentrale für politische Bildung, Bonn
Evangelische Akademie Tutzing
Münchner Volkshochschule
Petra Kelly Stiftung, München
Frau und Beruf GmbH, München
FrauenComputerSchule, München
Gründerinnen-Akademie, München
IBPro, München
Industrie- und Handelskammer für München und Oberbayern
siaf e.V., München
Verbund Strukturwandel, München
Autorinnenvereinigung, Münchner Gruppe
Bundeskonferenz der Frauen- und Gleichstellungsbeauftragten (BuKoF)
Business and Professional Women (BPW), München
Gender Mainstreaming Experts International (GMEI)
Internationale Frauenliga für Frieden und Freiheit
Münchner Frauennetz für eine frauengerechte Stadt
Netzwerk Genderforschung und Gleichstellungspraxis Bayern (NeGG)
Netzwerk Gender Training
Netzwerk Österreichischer Frauen- und Mädchenberatungsstellen, Wien, Österreich
NEWW-Polska, Gdansk, Polen
Stadtbund Münchner Frauenverbände
Frauengesundheitszentrum, München
Frauentherapiezentrum, München
Städtisches Klinikum München GmbH, Stabsstelle Betriebliche Gleichbehandlung